南方农业学报

作者：顾云映, 刘星, 邱祥婷, 刘杰,

关键词：山桐子, 转录组, SSR特征分析, 分子标记,

【目的】 基于转录组测序数据从山桐子叶片中挖掘SSR位点并进行分析，评估SSR标记的可用性和多态性，为山桐子种质资源收集与保存及分子标记开发提供理论参考。【方法】 以山桐子叶片为材料，利用MISA对转录组测序数据进行SSR位点检索并分析其特征，使用Primer 5.0设计SSR引物，通过SSR-PCR验证开发其多态性引物。【结果】 利用MISA筛选获得的18300条Unigenes共有8182条含SSR位点，占序列总数的44.71%；共有11767个SSR位点，平均分布距离为1.74 kb。完全型SSR位点数量为10721个，占总SSR位点的91.11%。SSR重复类型中以单核苷酸重复数量最多，共6384个，占总SSR位点的54.25%；二核苷酸次之，共2223个，占总SSR位点的18.89%；五核苷酸重复数量最少，仅36个，占总SSR位点的0.31%。共发现257种重复基元，在单核苷酸重复基元中，A/T数量最多，共6222个，占总SSR位点的52.88%；二核苷酸重复基元中，CT/AG数量最多，共701个，占总SSR位点的5.96%，其次为TC/GA，共664个，占总SSR位点的5.64%。在基元重复次数中，重复次数为10的SSR位点数量最多，共2434个，占总SSR位点的20.68%，且以单核苷酸重复数量最多，为2263个，占比为92.97%。10721个SSR位点长度为10~84 bp，平均长度为14.99 bp，位点长度主要集中在10~42 bp，该区间内共有10697个SSR位点，占总SSR位点的90.91%；具有高多态性（SSR长度≥20 bp）的SSR位点共1941个，占总SSR位点的16.50%。基于16份山桐子种质资源对随机选取的70对SSR引物进行验证，共有65对引物可扩增出目标条带，有效扩增率为92.86%，其中16对引物可扩增出多态性条带。利用6对多态性引物对16份山桐子样品进行聚类分析，在遗传相似系数0.78处，16份样品可分为2类。【结论】 山桐子叶片转录组中SSR位点类型丰富，共获得16对多态性引物，具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力，可用于山桐子遗传多样性分析、分子标记育种和资源保护。

来源：2026年第1期

《南方农业学报》期刊编辑部

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