南方农业学报

作者：丘鸿, 王明, 肖鑫辉, 李开绵, 叶剑秋, 应东山, 杨延青, 孟俊霖, 袁爱娟, 宁佳慧,

关键词：木薯, KASP分子标记, 遗传多样性分析, DNA指纹图谱, 聚类分析,

【目的】 基于全基因组重测序数据开发木薯KASP分子标记，利用其对木薯种质进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建，以期为木薯种质鉴定、优异资源挖掘及新品种选育提供分子工具和理论参考。【方法】 基于377份木薯种质全基因组重测序数据，以位点完整性、次要等位基因频率、杂合率、多态性信息含量（PIC）、GC含量、序列同源性、连续单碱基重复及位点分布密度等条件，筛选出高多态性KASP分子标记，并对184份木薯种质资源进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。【结果】 从木薯全基因组重测序数据中位于基因组不同位置的52722个SNP位点进行筛选，最终获得了9443个SNP位点。从木薯的18条染色体上分别选择分布相对均匀的20个SNP位点，共计360个位点。利用360对KASP引物对22份木薯种质进行引物初筛，筛选出27个高多态性KASP分子标记。通过27个KASP分子标记对184份木薯种质资源的遗传多样性分析，结果显示，主要等位基因频率（MAF）为0.440~0.842，平均为0.637；基因多样性（GD）为0.270~0.591，平均为0.464，有26个KASP分子标记的GD高于0.300；观测杂合度（Ho）为0.173~0.538，平均为0.344，45.3% KASP分子标记的Ho分布在0.300~0.400；PIC为0.234~0.545，85.18% KASP分子标记的PIC大于0.300，显示出较高的多态性。184份木薯种质被划分为9个类群，群体划分与其地理来源未呈明显相关性，说明木薯种质间存在较高程度的基因交流与混合。将27个KASP分子标记分型结果转为二元编码数据，构建184份木薯种质资源的DNA指纹图谱，有效地揭示不同木薯种质之间的遗传差异。【结论】 基于木薯全基因组重测序数据开发出27个KASP分子标记，能有效评估木薯种质遗传多样性，并鉴定种质间的亲缘关系，可用于木薯种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种。

来源：2026年第1期

《南方农业学报》期刊编辑部

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