南方农业学报

作者：刘松, 陆红飞, 梅佳琪, 宋微,

关键词：铁线莲, 花萼, 转录组测序, 分子标记, SSR, SNP,

目的 从铁线莲花萼的转录组测序数据中挖掘SSR和SNP位点，并对SSR和SNP特征进行分析，以期开发相关分子标记，为铁线莲种质资源保护、分子标记辅助育种、种群遗传学研究提供理论参考。方法 以3个铁线莲品种亨利（Henryi）、波兰精神（Polish spirit）和茱莉亚夫人（Mme Julia Correvon）的花萼为材料，使用高通量测序平台对其进行转录组测序，利用Trinity 2.8.5对获得的高质量序列进行组装，利用MISA和GATK4对铁线莲花萼的转录组测序数据进行深度挖掘，并分析其SSR和SNP位点特征。结果 从铁线莲花萼的转录组数据中共获得351006616条Raw reads，过滤后得到350133730条Clean reads，经拼接、去除冗余后得到84765条Unigenes，从中共发现7570个SSR位点，平均每9.55 kb出现1个SSR。Unigenes中的SSR位点重复类型主要有6种，以二核苷酸重复类型、三核苷酸重复类型为主，分别占SSR位点总数的48.68%和32.91%；6种重复类型共包含269种不同重复基元类型，其中二核苷酸重复基元以CT/TC为主，占38.42%；三核苷酸重复基元以AGA/TCT为主，占9.35%。SSR位点的重复基元随着重复次数的增加而呈现递减趋势，其重复次数为4~37次，主要集中在4~14次，占总SSR位点数的88.48%。SSR位点的长度为12~294 bp，平均长度25.79 bp，以长度为12~30 bp为主。根据7570个SSR位点序列，设计出6037对引物，成功率高达79.75%，随机挑选14对引物进行扩增，扩增成功率为71.43%。9个铁线莲花萼样本的转录组数据共搜索到784437~828387个SNP位点；转换类型（C/T、G/A、T/C）共占63.33%，颠换类型（A/G、A/T、T/A、C/A、G/T、A/C、T/G、C/G、G/C）共占36.67%。结论 铁线莲花萼转录组中的SSR位点数量丰富，分布较广泛且密度适中，在长度和基元重复次数方面存在明显差异，SSR的优势重复基元以A/T、CT/TC和AG/GA为主，可能与密码子的偏好性有关。SSR和SNP表现出较高的多态性，可用于铁线莲花萼的遗传多样性研究。

来源：2025年第7期

《南方农业学报》期刊编辑部

查看南方农业学报杂志2025年第7期