南方农业学报

作者：陈燕芸, 李光略, 敖秋桅, 谭芸, 陈峰, 吴雪萍, 朱佳杰,

关键词：罗非鱼, 抗病性, 遗传图谱, QTL, 免疫相关基因,

【目的】 通过构建罗非鱼抗病遗传连锁图谱，挖掘出与抗病性状相关的QTL位点和候选基因，为开展分子标记辅助加快罗非鱼抗病新品种选育提供理论指导。【方法】 以前期开展罗非鱼壮罗1号新品种选育过程中选获的抗病个体与易感病个体杂交得到的全同胞家系F1代150个个体为作图群体，基于全基因组重测序技术，利用GATK软件进行全基因组单核苷酸多态性（SNP）标记的挖掘，对过滤筛选到的高质量SNP标记利用Lep-MAP3构建高密度遗传连锁图谱，采用MapQTL 6.0的复合区间作图法对抗病性状相关QTL进行定位，然后利用定位区间所对应的物理位置，参考罗非鱼的基因组找到对应区间，并结合基因功能注释筛选抗病候选基因。【结果】 全基因组重测序共获得34861.49 Raw reads（3487.35 Gb），经质控后共得到34565.24 Clean reads（3456.97 Gb），平均每个F1代为218.90 Clean reads（21.90 Gb）,F1代的平均Q30和GC含量分别为93.25%和40.86%。将247228个高质量SNP标记划分为3029个Bin标记。构建的罗非鱼遗传连锁图谱全长为1521.56 cM，共划分为22个连锁群，标记间平均距离为0.50 cM。结合抗病性状的表型数据，在遗传图谱LG9连锁群上定位得到1个与无乳链球菌病抗性相关QTL，其置信区间为0.67～6.67 cM，对区间内的基因进行功能注释，筛选出5个免疫相关基因，分别为分离缺陷基因3（PARD3）、微管相关蛋白4基因（MAP4）、黏着斑蛋白基因（SVIL）、Kruppel样因子基因（KLF6）及骨形态发生蛋白6基因（BMP6）。【结论】 基于重测序技术绘制罗非鱼抗病性状遗传连锁图谱，定位到抗病相关QTL 1个和抗病候选基因5个，为后续实施罗非鱼抗病性状分子标记辅助育种及抗病功能基因研究提供标记资源。

来源：2025年第6期

《南方农业学报》期刊编辑部

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