南方农业学报

作者：熊芳园, 李哲, 张家俊, 胡雪松, 林勇, 王大鹏,

关键词：鲇形目, 线粒体基因组, 系统发育, 密码子偏好性,

【目的】 分析91种鲇形目鱼类线粒体基因组特征，探究鲇形目鱼类系统发育关系、密码子偏好性及环境对其线粒体基因组特征的影响，为鲇形目鱼类的系统分类和进化研究提供理论依据。【方法】 收集我国有记录的10科91种鲇形目鱼类的线粒体基因组数据，使用PhyloSuite提取蛋白编码基因（PCGs）序列进行密码子使用特征分析。通过MAFFT进行序列比对，利用IQ-TREE 2构建基于线粒体基因组PCGs的系统发育树。采用中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析突变和选择压力对密码子偏好性的影响。【结果】 91种鲇形目鱼类的线粒体基因组长度为16432～16863 bp,GC含量为40.2%～47.4%，且二者间无明显线性关系。基于13个PCGs的系统发育分析结果表明，海鲇科（Ariidae）海水鱼类与长臀鮠科（Cranoglanididae）、鲇科（Pangasiidae）、钝头鮠科（Amblycipitidae）等淡水鱼类形成单系群，且该单系群与鲿科（Bagridae）鱼类关系较为密切；甲鲇科（Loricariidae）鱼类与其他9科鲇形目鱼类的共同祖先属于姐妹群。密码子偏好性分析结果表明，91种鲇形目鱼类间存在一致的密码子使用模式；中性绘图和ENC-plot分析结果表明，密码子偏好性主要受自然选择的影响；PR2-plot分析结果表明，大部分基因密码子第3位碱基A的使用频率高于T,C的使用频率高于G。【结论】 91种鲇形目鱼类线粒体基因组密码子偏好性主要受自然选择驱动。海鲇科海水鱼类与长臀鮠科、鲇科、钝头鮠科等淡水鱼类形成单系群，外来入侵物种甲鲇科鱼类与其他9科鲇形目鱼类的共同祖先属于姐妹群，表明地理隔离对线粒体基因组演化有重要作用。

来源：2025年第6期

《南方农业学报》期刊编辑部

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