南方农业学报

作者：陈叶雨, 赖见生, 罗晓含, 吴晓雲, 宋明江, 龚全,

关键词：俄罗斯鲟, SNP分子标记, 遗传多样性, RAD-seq,

【目的】 基于限制性位点相关DNA测序（RAD-seq）开发出俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedti）的潜在单核苷酸多态性（SNP）分子标记，掌握俄罗斯鲟人工养殖群体的遗传多样性，为深入研究鲟形目鱼类的保护遗传学提供技术支撑。【方法】 通过CTAB法提取俄罗斯鲟鳍条DNA，构建DNA文库后利用Illumina NovaSeq 6000测序平台完成RAD-seq，经质控过滤、聚类组装及比对分析等筛选出潜在的SNP位点，并以SNaPshot和Sanger测序对SNP位点进行验证。【结果】 5个俄罗斯鲟样本RAD-seq共获得14.24 Gb原始数据（Raw base），平均每个样本的有效数据（Clean base）为2.84 Gb，平均有效数据率为99.54%,Q20均在96.00%以上，GC含量在40.52%～41.36%。数据组装总长度为53211245 bp，组装Contig的平均长度为343 bp,N50为404 bp；各样本测序得到Reads与组装基因组的比对率在59.89%～62.43%，平均测序深度为15.75～23.84倍。5个俄罗斯鲟样本RAD-seq获得的SNPs位点总数在299416～367709个，SNP转换位点数在183070～224458个，SNP颠换位点数在116346～143251个，转换/颠换比（Ts/Tv）平均为1.57;SNP位点的杂合率在82.81%～97.43%，其突变类型可分为6种（T/C、T/A、T/G、C/G、C/A和A/G），以T/C或A/G的出现频率最高。基于Sanger测序从随机挑选的100个潜在SNPs位点中筛选出36个多态性SNPs位点，其突变类型中以A/G的出现频率最高（44.4%），其次是T/C（出现频率为36.1%）,A/C、C/G和G/T的出现频率相对较低，分别为8.3%、8.3%和2.7%。36个SNPs位点共检测到72个等位基因，最小等位基因频率（MAF）的范围在0.0147～0.5000，观察杂合度（HO）为0.029～0.971，期望杂合度（HE）为0.029～0.523；除Ag18、Ag33、Ag35和Ag36等4个SNPs位点呈低度多态性（PIC≤0.25）外，其他32个SNPs位点均为中度多态性位点（0.25HWE>0.05)。【结论】 基于RAD-seq开发俄罗斯鲟SNP分子标记是一种切实可行的方法，开发出的SNP分子标记通用性高、数量多、覆盖率广，为俄罗斯鲟群体遗传学研究、遗传连锁图谱构建及分子辅助育种提供了技术支撑。

来源：2025年第6期

《南方农业学报》期刊编辑部

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