南方农业学报

作者：谢其洋, 黎旺长, 郑海英, 尚江华, 段安琴, 黄丽清, 冯超, 杨小淦, 杨春艳,

关键词：水牛, 产奶性状, 表型值, 候选基因, 全基因组关联分析,

【目的】 基于全基因组关联分析筛选影响水牛产奶量和产奶质量的相关基因，并验证这些基因的潜在功能，为加快优质高产水牛品种选育提供理论依据。【方法】 选取70头水牛（36头杂交水牛、18头摩拉水牛和16头尼里—拉菲水牛）进行产奶性状表型值测量，同时提取70头水牛的基因组DNA进行简化基因组重测序，结合水牛产奶性状进行主成分分析和全基因组关联分析，基于筛选到的SNP位点查找候选基因并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】 70头水牛均具有完整的表型值，且这些产奶性状间存在极显著相关性（P<0.01）； 70头水牛不存在明显的群体分层，基本上可视为1个群体。在与水牛产奶量关联的12个SNPs附近筛选到9个候选基因，其中CDH8、SLC30A7和FANCC等3个基因是与水牛产奶量相关的关键基因；在与水牛高峰产奶量关联的32个SNPs附近筛选到28个候选基因，Yeats4、SMC6、SUMO1、Grin2a、INO80、GEN1、Exd1、GDPD4、ABCG5、LRRK2、Arx和GRM5等12个基因是与水牛高峰产奶量相关的关键基因；在与水牛乳蛋白率关联的3个SNPs附近筛选到1个候选基因（MID1），显著富集于GO功能条目和KEGG信号通路上（P<0.05，下同）；在与水牛乳脂率关联的3个SNPs附近筛选到1个候选基因（CNTN5），显著富集于GO功能条目上；在与水牛乳蛋白含量关联的4个SNPs附近筛选到1个候选基因（FAM160A1），但该基因并未富集到GO功能条目或KEGG信号通路上；在与水牛乳脂含量关联的7个SNPs附近筛选到6个候选基因，其中CTNNA2、SSBP2和IPOll基因是与水牛乳脂含量相关的关键基因。【结论】 基于全基因组关联分析从70头水牛中挖掘出46个产奶性状候选基因，其中20个是水牛产奶性状的关键基因，因此，生产中可选用这些基因作为新的分子标记资源，加速水牛良种选育。此外，基于全基因组关联分析能高效挖掘出水牛产奶相关基因，为数量性状研究开辟了新方向。

来源：2025年第4期

《南方农业学报》期刊编辑部

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