南方农业学报

北大核心,CA,JST,CSCD扩展版,WJCI

国内刊号:45-1381/S

国际刊号:2095-1191

南方农业学报杂志2025年第4期:基于小RNA深度测序的广西牛大力花叶病病原分子鉴定及其全基因组序列分析

发布日期:

作者:李祐聪, 莫翠萍, 谢慧婷, 陈锦清, 秦碧霞, 崔丽贤, 蔡健和, 李界秋, 李战彪,

关键词:牛大力, 花叶病, 小RNA深度测序, 豇豆轻斑驳病毒, 广西,

【目的】 明确引起广西南宁市和钦州市的牛大力呈现花叶斑驳的病原病毒种类,为牛大力病毒病的防控提供理论依据。【方法】 以2022—2024年从南宁市和钦州市采集的疑似被病毒感染的牛大力植株叶片样品为材料,通过小RNA深度测序、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测、分段克隆、序列分析、系统发育树构建等方法对疑似感病样品进行病毒种类鉴定和系统进化分析。【结果】 小RNA深度测序获得49个contigs被注释为病毒基因组,其中25个contigs被注释为豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)、2个contigs被注释为瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)、22个contigs被注释为莴苣褪绿病毒(Lettuce chlorosis virus,LCV),表明采集的牛大力样品可能受到CpMMV、CCYV和LCV 3种病毒侵染。RT-PCR检测结果显示,样品中仅能扩增出CpMMV的目的条带,未能扩增出LCV和CCYV的目的条带,证实所采集的牛大力样品受到CpMMV的侵染。随机选择1份CpMMV检测阳性的南宁市牛大力样品,利用分段克隆的方法成功获得1条全长为8194 bp的CpMMV全基因组序列,命名为CpMMV_GX_NiuDaLi;将该序列在GenBank上进行BLASTn比对分析,发现该序列与已登录GenBank的CpMMV各分离物具有较高的核苷酸相似性,其中与CpMMV_NJ_JS(GenBank登录号:OK625819.1)和CpMMV_JS_NJ (GenBank登录号:MW354944.1)的核苷酸相似性最高,均为97.46%;基于CpMMV全基因组序列和CP基因序列构建的系统发育树分析发现,用于分析的各分离物分为2个大的分支,其中国内的分离物处于一个大分支,国外各分离物除印度新德里的分离物New Delh(i GenBank登录号:OQ791180.1)外均处于另一大分支,说明这些分离物具有地域分布特点;而CpMMV_GX_NiuDaLi与国内各分离物处于一个大分支,又与CpMMV_NJ_JS和CpMMV_JS_NJ同处于一个小的分支,表明3个分离物之间具有较近的亲缘关系。【结论】 广西南宁市和钦州市呈现花叶斑驳症状的牛大力样品受到CpMMV的侵染。

来源:2025年第4期

《南方农业学报》期刊编辑部

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