南方农业学报

作者：王轶钥, 蒋丽娟, 唐扬, 李培旺, 陈景震, 陈韵竹, 刘强, 郁培义, 周宵, 杨艳,

关键词：山苍子, 柠檬醛, SSR分子标记, 核心种质,

【目的】分析山苍子全基因组数据，开发SSR分子标记并优化SSR-PCR反应体系，为研究山苍子种质资源遗传多样性，分子标记辅助育种及构建核心种质等提供参考依据。【方法】基于山苍子全基因组序列，利用MISA（1.0）挖掘SSR位点，对其进行特征分析；对山苍子全基因组不同重复类型的SSR数量进行相关分析；并采用4因素3水平正交试验优化山苍子SSR-PCR反应体系。【结果】山苍子全基因组中共检测到303202个SSR，平均长度为25.95 bp。山苍子基因组全长1.3 Gb，1号染色体最长，12号染色体最短，分别为161.20、55.35 Mb。染色体上完全型核苷酸SSR共259695个，以单核苷酸丰富度最高，六核苷酸最低，其中SSR≤20 bp共202278个（77.89%），各染色体上SSR位点的频度密度为172~231个/Mb。山苍子12对染色体中2号染色体上分布的SSR数量最多，为36366个（14.00%），12号染色体SSR数量最少，共有9499个（3.66%）。完全型核苷酸不同重复类型和不同重复基序类型分别有4471和2091种，单核苷酸~六核苷酸分别有262、459、494、543、1011、1702种不同重复类型，分别有4、12、60、219、586、1210种不同重复基序类型，其优势重复单元依次为T、AT、AAT、AAAT、TTGGT、TGTATT，具明显的A/T碱基偏好性。不同SSR类型重复频次范围在4~240，分布在4~10的SSR位点数最多，共计134725个（51.88%），不同染色体中重复基序频次主要集中在4~20。对山苍子全基因组不同重复类型的SSR数量进行相关分析，发现不同重复类型SSR位点间均呈极显著正相关（P<0.01），其中单核苷酸与二核苷酸的相关系数最大（0.997）。正交试验下5号条带清晰明亮，为最佳条带。【结论】山苍子基因组SSR数量及类型较为丰富，且具有明显的A/T碱基偏好性。山苍子SSR-PCR反应体系优化的最佳组合：DNA模板浓度50 ng/μL、引物量1.5 μL、退火温度60 ℃、进行28次循环。

来源：2025年第3期

《南方农业学报》期刊编辑部

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