南方农业学报

北大核心,CA,JST,CSCD扩展版,WJCI

国内刊号:45-1381/S

国际刊号:2095-1191

南方农业学报杂志2025年第1期:基于SNP分子标记的福建玳瑁山脉茶树种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

发布日期:

作者:贵文静, 于文涛, 刘玲玉, 罗华标, 罗钦, 朱艳宇, 王攀, 蔡春平, 叶乃兴,

关键词:茶树, 遗传多样性, SNP分子标记, 亲缘关系, 玳瑁山脉,

【目的】 分析福建玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系和遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为玳瑁山脉茶树种质资源的保护、鉴定和利用提供参考依据。【方法】 利用SNP分子标记对83份玳瑁山脉茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。利用GenAlEx 6.503计算遗传距离,并进行主坐标分析(PCoA)。运用MEGA 5.05和DARwin 6.0构建层次聚类树。利用Structure 2.3.4进行群体结构分析,使用Clumpp 1.1.2和Distruct 1.1绘制种群结构图,并构建DNA指纹图谱。【结果】 从83份玳瑁山茶树种质资源中筛选出51个多态性高的SNP位点,用于鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的基因分型。83份玳瑁山茶树种质资源的Shannon’s信息指数(I)平均为0.530,观测杂合度(Ho)平均为0.312,期望杂合度(Ho)平均为0.352,固定指数(F)平均为0.122,次等位基因频率(MAF)平均为0.261。83份玳瑁山脉茶树种质资源可分为4个产区,基本上每个产区茶树种质均可单独聚为组群,新罗产区和漳平产区的茶树种质各自较独立聚集,上杭产区和连城产区的茶树种质交流较密切。不同产区种群间遗传分化系数(Fst)为0.090~0.165,属于中度遗传分化,上杭产区与漳平产区的茶树群体间Fst最大,为0.165,遗传距离最大,为0.189,茶树基因型差异最大,亲缘关系较远,种群间分化较明显;上杭产区与连城产区的茶树群体间遗传距离最小,为0.082,Fst最小,为0.090,茶树种质基因型最相近,遗传物质交流最频繁。通过51个有效SNP位点的基因分型,将其扩增位点信息连锁编码构建的DNA指纹图谱,可有效对玳瑁山脉茶树种质资源进行区分。【结论】 玳瑁山脉茶树种质资源具有丰富的遗传多样性,利用筛选出的SNP分子标记可有效鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系,可用于玳瑁山脉茶树种质资源鉴定及保护。

来源:2025年第1期

《南方农业学报》期刊编辑部

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