南方农业学报

作者：谢佳燕, 陈玥, 孙赫英,

关键词：食蚊鱼, 线粒体基因组, 密码子偏好性, 自然选择,

【目的】分析西部食蚊鱼（Gambusia affinis）和东部食蚊鱼（G. holbrooki）线粒体基因组组成和密码子使用偏好性，为食蚊鱼属入侵鱼类的早期预警和防控提供理论依据。【方法】基于线粒体基因组序列数据，通过生物信息学方法分析西部食蚊鱼和东部食蚊鱼线粒体基因组组成特征和密码子使用模式。【结果】西部食蚊鱼和东部食蚊鱼线粒体基因组大小分别为16614和16610 bp，碱基组成均呈现明显的AT偏好，蛋白编码基因密码子的适应指数（CAI）范围分别为0.14~0.20和0.13~0.20，偏好性指数（CBI）分别为-0.09~0.09和-0.09~0.07，有效密码子数（ENC）分别为35.19~50.50和39.03~50.06。中性绘图分析结果表明，2种食蚊鱼线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量相关性不明显；ENC-plot分析发现2种食蚊鱼线粒体基因ENC均位于标准曲线下方；PR2-plot分析发现2种食蚊鱼线粒体基因密码子第3位的4种碱基使用频率不相等，A和C的使用频率高于T和G。在西部食蚊鱼和东部食蚊鱼线粒体基因组中分别确定了16和18个最优密码子。【结论】2种食蚊鱼线粒体基因组均偏好使用以C或A结尾的密码子，无以G结尾的密码子。西部食蚊鱼和东部食蚊鱼分别筛选出16和18个最优密码子，主要以C或A结尾。2种食蚊鱼线粒体基因组密码子均为弱偏好性密码子，自然选择和突变压力均是影响2种食蚊鱼线粒体密码子偏好性形成的因素，其中自然选择起主导作用。

来源：2024年第8期

《南方农业学报》期刊编辑部

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