南方农业学报

作者：李学俊, 王步天, 赵猛, 施学东, 陈治华, 谢纯, 卢云峰, 董相书, 马银波, 葛宇,

关键词：阿拉比卡咖啡, 遗传多样性, SLAF-Seq, SNP, 系统发育, 群体遗传结构, 主成分分析,

【目的】 采用特异性位点扩增片段测序（SLAF-Seq）技术对阿拉比卡咖啡种质资源进行遗传多样性分析，明确本地咖啡种质遗传背景，为阿拉比卡咖啡新品种选育提供理论依据。【方法】 以国内外40份阿拉比卡咖啡和4份非阿拉比卡咖啡（外类群对照）种质资源为材料，采用SLAF-Seq技术对其进行SNP标记开发及系统发育、群体遗传结构及主成分分析。【结果】 所有供试咖啡属种质资源测序共获得220.54 Mb数据，测序样品平均Reads数量为5012189条，测序平均Q30为95.90%，平均GC含量为39.48%。定位到参考基因组的Clean reads占所有Clean reads总数的百分比平均为95.05%。从44份咖啡属种质资源中共检测到214254个SLAF标签，平均每份样品SLAF标签数量为140742。SLAF标签在每份样本中的分布数量为46234～171026个。共开发出1186433个群体SNP分子标记，每个样品的SNP分子标记数目为381105～903823个，SNP分子标记完整度为32.12%～76.18%，杂合率为6.23%～17.49%。阿拉比卡咖啡SNP分布具有一定的区域集中性，主要集中在1c～11c这套来自其中一个亲本卡尼弗拉咖啡（中粒种）染色体组上。系统发育、群体遗传结构及主成分3种聚类结果显示，阿拉比卡咖啡铁皮卡型、阿拉比卡咖啡波邦型和含有Catimor的类群被明显区分开来独立成群，并明确了18份阿拉比卡咖啡种质的遗传背景。【结论】 40份阿拉比卡咖啡主要分为铁皮卡型类群、波邦型类群和含有Catimor商品种质的类群。采用SLAF-Seq技术所开发的SNP分子标记可准确分析阿拉比卡咖啡资源遗传多样性。

来源：2024年第6期

《南方农业学报》期刊编辑部

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