南方农业学报

作者：赵德鹏, 覃海, 毕欢, 袁巍, 张依裕, 陈伟,

关键词：:miRNA, 剑白香猪, 表皮, 黑色素, 转录组,

【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序，筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA，为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序，以|log2 Fold Change|≥1且错误发现率（FDR）≤0.05为标准，采用DESeq2筛选差异表达miRNA，使用miRanda和RNAhybrid预测差异表达miRNA靶基因并进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析，构建差异表达miRNA、靶基因和KEGG信号通路互作网络，利用实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】从剑白香猪黑色和白色表皮中鉴定出280个已知miRNA和618个新miRNA，筛选出17个差异表达miRNA，白色表皮较黑色表皮有10个miRNA上调表达，7个miRNA下调表达。共预测获得1327个靶基因，GO功能注释分析结果显示，在生物学过程中，差异表达miRNA靶基因主要涉及上皮发育、细胞增殖和分解代谢过程等条目；在细胞组分和分子功能中，主要涉及细胞质、细胞质囊泡、ATP结合和催化活性等条目。KEGG信号通路富集结果显示，靶基因在磷脂酰肌醇信号系统、黑色素生成和细胞色素P450等信号通路富集，其中ssc-miR-615靶基因包括CALM3、CREBBP、FZD5和DVL2，其富集通路均与表皮色素沉着有关，ssc-miR-221-3p靶基因TYRP1和ssc-miR-224靶基因RAB23富集的通路与黑色素生成有关。选取7个差异表达miRNA与靶基因TYRP1和RAB23进行实时荧光定量PCR验证，结果表明差异表达miRNA的表达变化与转录组测序分析的变化趋势一致，TYRP1和RAB23在剑白香猪黑色表皮中的表达量极显著高于白色表皮（P<0.01）。【结论】ssc-miR-615、ssc-miR-221-3p和ssc-miR-224是影响剑白香猪表皮颜色的候选基因，可能对剑白香猪表皮的黑色素形成有重要影响。

来源：2024年第3期

《南方农业学报》期刊编辑部

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