南方农业学报

作者：周迪, 赵忠海, 王府, 杨蓉, 王燕, 敖叶, 谢玲玲, 陈秋生, 田兴舟, 李波,

关键词：关岭牛, 肌肉生长发育, 肌肉性状, 差异表达基因(DEGs), 转录组测序,

【目的】基于转录组测序挖掘出贵州关岭牛肌肉生长发育关键基因，为后续培育贵州优质肉牛品种提供理论依据。【方法】选取3头健康且体重相近的24月龄成年关岭牛，屠宰后采集其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、大腿肌及肩峰等组织样品，采用TRIzol法提取各组织总RNA，构建cDNA文库后进行转录组测序，通过生物信息学手段筛选出不同样品间的差异表达基因（DEGs），结合GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析挖掘出关岭牛肌肉生长发育相关候选基因，再经实时荧光定量PCR对候选基因进行验证。【结果】测序样品有效序列（Clean reads）比对至参考基因组序列的平均比对率为90.76%，检测到26367个新转录本（有编码潜能的转录本19659个，非编码转录本6708个）；在各组织中检测到共表达基因53912个，其中已知基因51688个、预测新基因2224个；GO功能注释分析发现这些共表达基因主要发挥生物调节、代谢过程、生物膜组成、催化活性和转录调节活性等功能。通过DEGseq检测，最终筛选获得16个与肌肉生长发育相关的DEGs（QKI、CHKB、MYBPC1、MBNL1、MYH11、MYLK2、TPM3、NEXN、EZH2、TNNT3、PPARGC1A、SGCA、DMPK、FOXP1、FLNB和TNS2），主要参与内吞作用、心肌收缩、癌症、代谢及MAPK信号通路。实时荧光定量PCR验证结果显示，筛选出的16个DEGs在关岭牛背最长肌或肩峰中高表达，与转录组测序结果一致。【结论】基于转录组测序从关岭牛各组织中筛选出16个与肌肉生长发育相关的DEGs，主要在生物调节、代谢过程、细胞成分、催化和转录调节等方面发挥功能作用，可作为开展关岭牛肌肉生长发育遗传机制研究的候选基因。

来源：2024年第3期

《南方农业学报》期刊编辑部

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