南方农业学报

作者：刘潮, 盛妍妍, 姜斌, 卢旗阳, 韩利红,

关键词：灵芝属, 线粒体基因组, 基因进化, 系统发育,

【目的】分析灵芝属（Ganoderma）真菌的线粒体基因组特征及进化，为灵芝属物种分类、分子进化和系统发育分析提供理论依据。【方法】基于灵芝属真菌15个线粒体基因组序列，利用MEGA X、MISA、mVISTA、MAFFT、DnaSP、PAML X和IQ-TREE等生物信息学软件对基因组特征、序列多态性、简单重复序列（SSR）、基因进化和系统发育进行分析。【结果】灵芝属真菌线粒体基因组全长为50603~124588 bp，GC含量为25.4%~27.3%，含有15个保守的蛋白编码基因（PCG）、2个rRNA基因和25~29个tRNA基因。SSR主要由AT构成，单核苷酸重复类型比例最高，其次为三核苷酸重复和四核苷酸重复。种间线粒体基因组序列差异较大，非编码区的变异水平高于编码区，nad6、nad3和cob基因编码序列的变异度较高，内含子长度与线粒体基因组大小呈显著正相关。15个保守的线粒体蛋白编码基因主要受纯化选择影响，其中cob、cox1和nad2基因含有正选择位点。基因编码偏好A/T含量高的密码子，27个高频密码子中，13个以A结尾，14个以T结尾。系统发育分析结果显示，灵芝属真菌主要分为2个聚类组，其中紫芝、狭长孢灵芝和G.wiiroense聚为一组；喜热灵芝、白肉灵芝和铁杉灵芝聚成一支，与树舌灵芝、梅氏灵芝、四川灵芝和亮盖灵芝构成姊妹类群，共同构成另一组。【结论】灵芝属真菌的线粒体基因组在进化过程中发生明显的遗传变异，基因组长度主要与内含子插入和删除有关，蛋白编码基因密码子使用偏性强。

来源：2022年第10期

《南方农业学报》期刊编辑部

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