南方农业学报

作者：杨春玲, 陈慧芳, 彭敏, 李强勇, 曾地刚, 刘青云, 赵永贞, 陈晓汉, 陈秀荔,

关键词：凡纳滨对虾, 差异表达基因, 肌肉, 生长发育, 转录组测序,

【目的】筛选出凡纳滨对虾生长发育的功能基因及代谢调控网络，揭示其生长发育的分子机制，为后续开展凡纳滨对虾分子生物学研究提供宝贵的基因数据来源。【方法】以快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织为研究材料，通过Illumina HiSeqTM2500平台对构建的cDNA文库进行高通量测序分析，以StringTie进行拼接组装后利用DESeq2筛选差异表达基因，并基于KOG、GO、nr、COG、Swiss-Pro、KEGG和Pfam等数据库进行差异表达基因功能注释分析。【结果】经拼接组装共获得53458844条Clean reads，各样品Clean reads的Q30均在93.00%以上；Illumina测序获得的Clean reads与参考基因组的比对效率在87.75%~87.80%，说明转录组测序数据真实可靠。采用SnpEff进行SNP/InDel变异注释分析，结果显示，SNP位点中以A>G、G>A、C>T和T>C等4种类型的数量较多（14950~21562个），InDel位点则以SYNONYMOUS_CODING的数量最多（33630个）。使用StringTie对Mapped reads（比对到参考基因组的Reads）进行拼接，共发掘到4607个新基因，分别输入COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG和nr数据库中进行序列比对，最终发现共有1098个新基因被注释，以被nr数据库注释的新基因数量最多（1077个），而被COG数据库注释的新基因数量最少（416个）。基于Q-value2的筛选条件，共获得1408个差异表达基因（661个为显著上调表达基因，747个为显著下调表达基因）；1408个差异表达基因被注释到53个GO功能条目中，其中，22条被注释到生物学过程（Biological process），16条被注释到细胞组分（Cellular component），15条被注释到分子功能（Molecular function）；KEGG信号通路富集分析发现3条重要的信号通路，分别是溶酶体通路（Lysosome）、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢（Amino sugar and nucleotide sugar metabolism）及鞘脂类代谢（Sphingolipid metabolism）。在溶酶体通路中，CTSL基因、Nramp基因、MyoG基因和Myf5基因在凡纳滨对虾快速生长群体肌肉组织中呈上调表达，而Trypsin基因呈下调表达。【结论】通过转录组测序分析从快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织中筛选出1408个差异表达基因（661个为显著上调表达基因，747个为显著下调表达基因），主要富集在溶酶体、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢及鞘脂类代谢等通路上，在对虾肌肉生长发育过程中发挥重要作用。

来源：2021年第9期

《南方农业学报》期刊编辑部

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